El Museo Nacional de Indonesia recopila muchos objetos antiguos de todo el archipiélago. Entre otras cosas que se incluyen en la colección se encuentran estatuas antiguas, inscripciones, otros objetos antiguos y artículos de artesanía.
El precursor de este museo nació en 1778, precisamente el 24 de abril, en el momento de la formación de la Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen. J. C. M. Radermacher, presidente de la asociación, donó un edificio ubicado en Jalan Kalibesar junto con una colección de libros y objetos culturales que luego se convirtieron en la base para el establecimiento del museo.
Durante el dominio británico (1811-1816), Sir Thomas Stamford Raffles, quien también fue director de Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen, ordenó la construcción de un nuevo edificio ubicado en Jalan Majapahit No. 3. Este edificio se utiliza como museo y sala de reuniones de la Sociedad Literaria (anteriormente “Societeit de Harmonie”). La ubicación de este edificio ahora forma parte del complejo de la Secretaría de Estado.
En 1862, después de que la colección llenara el museo en Jalan Majapahit, el gobierno de las Indias Orientales Holandesas erigió un edificio que todavía está habitado.
El edificio del museo se abrió al público en 1868.
Tras la independencia de Indonesia, el Instituto Cultural de Indonesia, que gestiona el museo, pasó al gobierno de la República de Indonesia el 17 de septiembre de 1962. Desde entonces, la gestión del museo está a cargo de la Dirección General de Cultura, bajo la dirección de el Ministerio de Educación y Cultura.
A partir de 2005, el Museo Nacional está bajo la gestión del Ministerio de Turismo en relación con el traspaso de la Dirección General de Cultura al ministerio.
